Op gennem 1950’erne og -60’erne modtog Gundsømagle Sø store mængder urenset spildevand. Det endte med at tage livet af Nordsjællands måske mest fuglerige sø. Søen lider fortsat under fortidens synder, og desværre er der ikke udsigt til forbedring de næste mange år.

Fugleværnsfonden arbejder omhyggeligt på at genoprette naturen i søen og på den måde få genskabt de gode levevilkår for fugle, fisk, insekter og planter. I slutningen af 1990’erne blev der sat gang i tiltag, der sikrer, at forholdene i søen langsomt forbedres. Ved at mindske tilledningen af spildevand til Hove Å, og følgelig Gundsømagle Sø, vil forureningen med næringsstoffer langsomt aftage.

Også naturen rundt omkring søen bliver plejet. I søen og i rørskoven holdes vandstanden så høj som muligt. Rørskoven skæres med mellemrum, så den holdes ung og ikke tørrer ud og gror til. Underskoven er tæt og med krat, buske og opvækst af unge træer. I de gamle træer er der mange huller. De gamle træer bliver ikke fældet. Træruinerne er nemlig vigtige for fuglene - her er både redested og masser af insekter og andre smådyr. I lysningerne, hvor træerne har stået, vokser der nye træer op.

Rørskoven ved Gundsømagle Sø er Østdanmarks største. Hvis rørskoven tørrer ud om sommeren, kan fuglene ikke finde føde til deres unger. Derfor bliver rørskoven plejet ved regelmæssig høst af rør samt sikring af en høj vandstand i rørskoven hele sommeren. Derudover er der kreaturer på engen i den ene ende af naturreservatet, og de græsser helt ud til vandet. Det skaber en fugtig eng med gode levesteder, både til blomster og til vibe, rødben og andre vadefugle.

En tilbagevendende begivenhed er desuden det årlige høslæt, som foretages på et udvalgt areal i naturreservatets vestlige ende.