Området forvaltes ud fra ønsket om en mere autentisk og utæmmet natur.

I reservatet forsøger vi at rekonstruere de naturlige processer og fordre de dynamikker, der især er karakteristiske for den kystnære natur. Ud fra visionen 'vildhed, variation og vand' har Fugleværnsfonden forvaltet Saksfjed-Hyllekrog siden 1995 og sat skub i naturforvaltningen. Blandt andet ved:

• græsning i meget store folde, med mange forskellige naturtyper. I 2018 blev der etableret vildgræsning ved at sammenlægge foldene i inddæmningen til én stor hegning.
• helårsgræsning med vilde heste i samgræsning med økologiske kvæg og en stor bestand af dåhjorte og lidt rådyr
• at genskabe de våde områder ved at lukke drængrøfter og opstemme vand
• at etablere fugleøer i Saksfjed, der erstatter lidt af de mange øer og småholme, der før den store landindvinding var en naturlig del af kystlandskabet
• at veteranisere træer i skoven i Saksfjed med målet om mere stående dødt ved (de vintergræssende dyr bidrager her i form af afbarkning af træerne)
• at bekæmpe invasive arter (ikke hjemmehørende arter, Rosa rugosa (Rynket rose) i særdeleshed)
• at afbrænde ensartede flade arealer med især bjergrørhvene, lysesiv og rynket rose på Hyllekrog og i Saksfjed Inddæmningen

Indenfor områdets godt 217 ha vil man derfor opleve et bredt spektrum af levesteder for fuglene. I skoven yngler bl.a. havørnene og tidvis pirol, i søerne bl.a. yngler hættemågerne, storspoverne fouragerer på engene, sølvhejrerne holder til ved digegravene, og nogle gange ses også tranerne her.

Klyderne og viberne fouragerer i sjapvandsområderne, sortstrubet bynkefugl yngler i de spredte buske på overdrevet og gæssene raster på engene.

Saksfjed-Hyllekrog er udpeget som et NATURA 2000-område, hvis naturindhold kræver en særlig bevågenhed og indsats. Området er tillige fredet i 1989, store dele er beskyttet efter Naturbeskyttelsesloven, og er tillige udpeget som både EU-habitat og EU-fuglebeskyttelsesområde. Ramsar-område nord og øst for reservatet. Hyllekrog Odde og en rem af Saksfjed-Inddæmningen er tillige statsligt vildtreservat.